Luke Thompson

Doctor Luke Thompson

Investigador, División de Química Oceánica y Ecosistemas

305.361.4553

4301 Rickenbacker Causeway
Miami, Florida 33149

Acerca de

El Dr. Luke Thompson es ecólogo microbiano y bioinformático con amplia experiencia en el campo y el laboratorio. Es autor principal de publicaciones en Nature, PNAS y The ISME Journal, entre otras.

Trabajo actual

Investigador principal del programa 'Omics' del AOML

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Educación

2003 - 2010, Doctorado en Microbiología, Instituto Tecnológico de Massachusetts, Cambridge, MA

1998 - 2003, Licenciatura en Ciencias Biológicas, Universidad de Stanford, Stanford, CA

Publicaciones

Gold, Z., R.P. Kelly, A.O. Shelton, A.R. Thompson, K.D. Goodwin, R. Gallego, K.M. Parsons, L.R. Thompson, D. Kacev y P.H. Barber. El ADN archivado revela cambios en las poblaciones de peces asociados a olas de calor marinas. ADN medioambiental, 6:e400, https://doi.org/10.1002/edn3.400 2024
Ref. 4248
Lim, S.J., L.R. Thompson y K.D. Goodwin. Características genéticas del poliqueto marino Sirsoe methanicola a partir de datos metagenómicos. Fronteras de las ciencias marinas, 9:1067482, https://doi.org/10.3389/fmars.2022.1067482 2023
Ref. 4218
Park, H., S.J. Lim, J. Cosme, K. O'Connell, J. Sandeep, F. Gayanilo, G.R. Cutter, E. Montes, C. Nitikitpaiboon, S. Fisher, H. Moustahfid y L.R. Thompson. Investigación de algoritmos de aprendizaje automático para la clasificación taxonómica de metagenomas marinos. Microbiology Spectrum, 11(5):e5237-22, https://doi.org/10.1128/spectrum.05237-22 2023
Ref. 4324

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Gold, Z., R.P. Kelly, A.O. Shelton, A.R. Thompson, K.D. Goodwin, R. Gallego, K.M. Parsons, L.R. Thompson, D. Kacev y P.H. Barber. El ADN archivado revela cambios en las poblaciones de peces asociados a olas de calor marinas. ADN medioambiental, 6:e400, https://doi.org/10.1002/edn3.400 2024
Ref. 4248
Lim, S.J., L.R. Thompson y K.D. Goodwin. Características genéticas del poliqueto marino Sirsoe methanicola a partir de datos metagenómicos. Fronteras de las ciencias marinas, 9:1067482, https://doi.org/10.3389/fmars.2022.1067482 2023
Ref. 4218
Park, H., S.J. Lim, J. Cosme, K. O'Connell, J. Sandeep, F. Gayanilo, G.R. Cutter, E. Montes, C. Nitikitpaiboon, S. Fisher, H. Moustahfid y L.R. Thompson. Investigación de algoritmos de aprendizaje automático para la clasificación taxonómica de metagenomas marinos. Microbiology Spectrum, 11(5):e5237-22, https://doi.org/10.1128/spectrum.05237-22 2023
Ref. 4324
Thompson, L.R., y P. Thielen. Descodificación de la información disuelta: Secuenciación ambiental del ADN a escala mundial para vigilar un océano cambiante. Current Opinion in Biotechnology, 81:102936, https://doi.org/10.1016/j.copbio.2023.102936 2023
Ref. 4252
Anderson, S.R., y L.R. Thompson. Optimización de un método de extracción por batido de microesferas para el ADN microbiano y ambiental de los peces. Environmental DNA, 4(2):291-303, https://doi.org/10.1002/edn3.251 2022
Ref. 4014
Clayton, S., H. Alexander, J.R. Graff, N.J. Poulton, L.R. Thompson, H. Benway, E. Boss y A. Martiny. Bio-GO-SHIP: Ha llegado el momento de establecer secciones de repetición global de la biología oceánica. Frontiers in Marine Science, 8:767443, https://doi.org/10.3389/fmars.2021.767443 2022
Ref. 4058
Den Uyl, P.A., L.R. Thompson, R.M. Errera, J.M. Birch, C.M. Preston, B. Ussler III, C.E. Yancey, S. Rao Chaganti, S.A. Ruberg, G.J. Doucette, G.J. Dick, C.A. Scholin y K.D. Goodwin. Pruebas de campo en el lago Erie para avanzar en la vigilancia autónoma de las floraciones de algas nocivas. Fronteras de la ciencia marina, 9:1021952, https://doi.org/10.3389/fmars.2022.1021952 2022
Ref. 4170
Jorge, F., J.C. Brealey, P.J. Brindley, M. Buysse, C. Cantacessi, O. Duron, R. Fichorova, C.R. Fitzpatrick, M. Hahn, C. Hunter, V. Herve, L.J. Knoll, K.D. Kohl, M. Lalle, J. Lukes, J. Martínez-Martínez, S.L. Perkins, R. Poulin, K. Rosario, A.C. Schneider, L.M. Schriml, L.R. Thompson, R.L. Walls y N.M. Dheilly. MIxS-SA: Una extensión de MIxS que define el estándar mínimo de información para los datos de secuencias de microorganismos asociados a simbiontes. Comunicaciones de la ISME, 2:9, https://doi.org/10.1038/s43705-022-00092-w 2022
Ref. 4069
Lim, S.J., L.R. Thompson, C.M. Young, T. Gaasterland y K.D. Goodwin. Predominio de Sulfurospirillum en los metagenomas asociados al gusano del hielo del metano(Sirsoe methanicola). Applied and Environmental Microbiology, 88(15):e00290-22, https://doi.org/10.1128/aem.00290-22 2022
Ref. 4125
Shaffer, J.P., L.-F. Nothias, L.R. Thompson, J.G. Sanders, R.A. Salido, S.P. Couvillion, A.D. Brejnrod, F. Lejzerowicz, N. Haiminen, S. Huang, H.L. Lutz, Q. Zhu, C. Martino, J.T. Morton, S. Karthikeyan, M. Nothias-Esposito, K. Duhrkop, S. Bocker, H.W. Kim, A.A. Aksenov, W. Bittremieux, J.J. Minich, C. Marotz, M.M. Bryant, K. Sanders, T. Schwartz, G. Humphrey, Y. Vázquez-Baeza, A. Tripathi, L. Parida, A.P. Carrieri, K.L. Beck, P. Das, A. González, D. McDonald, J. Ladau, S.M. Karst, M. Albertsen, G. Ackermann, J. DeReus, T. Thomas, D. Petras, A. Shade, J. Stegen, S.J. Song, T.O. Metz, A.D. Swafford, P.C. Dorrestein, J.K. Jansson, J.A. Gilbert, R. Knight y Earth Microbiome Project 500 (EMP500) Consortium. La multiómica estandarizada de los microbiomas de la Tierra revela la diversidad microbiana y de metabolitos. Nature Microbiology, 7:2128-2150, https://doi.org/10.1038/s41564-022-01266-x 2022
Ref. 4199
Thompson, L.R., S.R. Anderson, P.A. Den Uyl, N.V. Patin, G. Sanderson y K.D. Goodwin. Tourmaline: Un flujo de trabajo en contenedores para el análisis rápido e iterable de secuencias de amplicones utilizando QIIME 2 y Snakemake. GigaScience, 11(1):giac066, https://doi.org/10.1093/gigascience/giac066 2022
Ref. 4130
Truelove, N.K., N.V. Patin, M. Min, K.J. Pitz, C.M. Preston, K.M. Yamahara, Y. Zhang, B.Y. Raanan, B. Kieft, B. Hobson, L.R. Thompson, K.D. Goodwin y F.P. Chavez. Ampliación de las escalas temporales y espaciales de la investigación del ADN ambiental con muestreo autónomo. Environmental DNA, 4(4):972-984, https://doi.org/10.1002/edn3.299 2022
Ref. 4111
Formel, N., I.C. Enochs, C. Sinigalliano, S.R. Anderson y L.R. Thompson. Muestreadores automatizados de subsuperficie para ADNe (SASe) para la vigilancia e investigación biológica. HardwareX, 10:e00239, https://doi.org/10.1016/j.ohx.2021.e00239 2021
Ref. 4031
Lim, S.J., y LR. Thompson. Mitohelper: Una herramienta de análisis de la secuencia mitocondrial de referencia para los estudios de ADN electrónico de los peces. Environmental DNA, 3(4):706-715, https://doi.org/10.1002/edn3.187 2021
Ref. 3929
Vangay, P., J. Burgin, A. Johnston, K.L. Beck, D.C. Berrios, K. Blumberg, S. Canon, P. Chain, J.-M. Chandonia, D. Christianson, S.V. Costes, J. Damerow, W.D. Duncan, J.P. Dundore-Arias, K. Fagnan, J.M. Galazka, S.M. Gibbons, D. Hays, J. Hervey, B. Hu, B.L. Hurwitz, P. Jaiswal, M.P. Joachimiak, L. Kinkel, J. Ladau, S.L. Martin, L.A. McCue, K. Miller, N. Mouncey, C. Mungall, E. Pafilis, T.B.K. Reddy, L. Richardson, S. Roux, J.P. Shaffer, J.C. Sundaramurthi, L.R. Thompson, R.E. Timme, J. Zheng, E.M. Wood-Charlson y E.A. Eloe-Fadrosh. Estándares de metadatos del microbioma: Informe del taller de la National Microbiome Data Collaborative y actividades de seguimiento. mSystems, 6(1):e01194-20, https://doi.org/10.1128/mSystems.01194-20 2021
Ref. 3934
Lavrinienko, A., E. Tukalenko, T.A. Mousseau, L.R. Thompson, R. Knight, T. Mappes y P.C. Watts. Doscientos cincuenta y cuatro genomas bacterianos ensamblados en el metagenoma de la microbiota intestinal del topillo bancario. Datos científicos, 7:312, https://doi.org/10.1038/s41597-020-00656-2 2020
Ref. 3858
Bolyen, E., J.-R. Rideout, M.R. Dillon, N.A. Bokulich, C.C. Abnet, G.A. Al-Ghalith, H. Alexander, E.J. Alm, M. Arumugam, F. Asnicar, Y. Bai, J.E. Bisanz, K. Bittinger, A. Brejnrod, C.J. Brislawn, C.T. Brown, B.J. Callahan, A.M. Caraballo-Rodríguez, J. Chase, E.K. Cope, R. Da Silva, C. Diener, P.C. Dorrestein, G.M. Douglas, D.M. Durall, C. Duvallet, C.F. Edwardson, M. Ernst, M. Estaki, J. Fouquier, J.M. Gauglitz, S.M. Gibbons, D.L. Gibson, A. González, K. Gorlick, J. Guo, B. Hillmann, S. Holmes, H. Holste, C. Huttenhower, G.A. Huttley, S. Janssen, A.K. Jarmusch, L. Jiang, B.D. Kaehler, K.B. Kang, C.R. Keefe, P. Keim, S.T. Kelley, D. Knights, I. Koester, T. Kosciolek, J. Kreps, M.G.I. Langille, J. Lee, R. Ley, Y.-.X. Liu, E. Loftfield, C. Lozupone, M. Maher, C. Marotz, B.D. Martin, D. McDonald, L.J. McIver, A.V. Melnik, J.L. Metcalf, S.C. Morgan, J.T. Morton, A.T. Naimey, J.A. Navas-Molina, L.F. Nothias, S.B. Orchanian, T. Pearson, S.L. Peoples, D. Petras, M.L. Preuss, E. Pruesse, L.B. Rasmussen, A. Rivers, M.S. Robeson, P. Rosenthal, N. Segata, M. Shaffer, A. Shiffer, R. Sinha, S.J. Song, J.R. Spear, A.D. Swafford, L.R. Thompson, P.J. Torres, P. Trinh, A. Tripathi, P.J. Turnbaugh, S. Ul-Hasan, J.J.J. van der Hooft, F. Vargas, Y. Vázquez-Baeza, E. Vogtmann, M. von Hippel, W. Walters, Y. Wan, M. Wang, J. Warren, K.C. Weber, C.H.D. Williamson, A.D. Willis, Z.Z. Xu, J.R. Zaneveld, Y. Zhang, Q. Zhu, R. Knight, J.G. Caporaso. Ciencia de datos del microbioma reproducible, interactiva, escalable y extensible utilizando QIIME 2. Nature Biotechnology, 37(8):852-857, https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9 2019
Ref. 3700
Cao, L., A. Gurevich, K.L. Alexander, C.B. Naman, T. Leao, E. Glukov, T. Luzzatto-Knaan, F. Vargas, R. Quinn, A. Bouslimani, L.F. Nothias, N.K. Singh, J.G. Sanders, R.A.S. Benítez, L.R. Thompson, M.-N. Hamid, J.T. Morton, A. Mikheenko, A. Shlemov, A. Korobeynikov, I. Friedberg, R. Knight, K. Ventkateswaran, W.H. Gerwick, L. Gerwick, P.C. Dorrestein, P.A. Pezvner y H. Mohimani. MetaMiner: Un enfoque escalable de peptidogenómica para el descubrimiento de productos naturales de péptidos ribosomales con modificaciones ciegas de las comunidades microbianas. Cell Systems, 9(6):600-608e4, https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.09.004 2019
Ref. 3859
Dheilly, N.M., J. Martínez Martínez, K. Rosario, P.J. Brindley, R.N. Fichorova, J.Z. Kaye, K.D. Kohl, L.J. Knoll, J. Lukes, S.L. Perkins, R. Poulin, L. Schrimi y L.R. Thompson. Proyecto sobre el microbioma de los parásitos: Grandes retos. PLoS Pathogens, 15(10):e1008028, https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008028 2019
Ref. 3738
Martino, C., J.T. Morton, C.A. Marotz, L.R. Thompson, A. Tripathi y R. Knight. Una nueva técnica de composición dispersa revela las perturbaciones microbianas. mSystems, 4(1):e00016-19, https://doi.org/10.1128/mSystems.00016-19 2019
Ref. 3633
Thompson, L.R., M.F. Haroon, A.A. Shibl, M.J. Cahill, D.K. Ngugi, G.J. Williams, J.T. Morton, R. Knight, K.D. Goodwin y U. Stingl. Los genomas unicelulares de SAR11 y Prochlorococcus del Mar Rojo reflejan pangenomas distribuidos globalmente. Microbiología Aplicada y Ambiental, 85(13):e00369-19, https://doi.org/10.1128/AEM.00369-19 2019
Ref. 3673
Franzosa, E.A., L.J. McIver, G. Rahnavard, L.R. Thompson, M. Schirmer, G. Weingart, K. Schwarzberg-Lipson, R. Knight, J.G. Caporaso, N. Segata y C. Huttenhower. Perfiles funcionales a nivel de especie de metagenomas y metatranscriptomas. Nature Methods, 15(11):962-968, https://doi.org/10.1038/s41592-018-0176-y 2018
Ref. 3614
Kharbush, J.J., L.R. Thompson, M.F. Haroon, R. Knight y L.I. Aluwihare. Entre las bacterias productoras de hopanoides del Mar Rojo se encuentran los principales oxidantes de nitritos marinos. FEMS Microbiology Ecology, 94(6):fiy063, https://doi.org/10.1093/femsec/fiy063 2018
Ref. 3521
Knight, R., A. Vrbanac, B.C. Taylor, A. Aksenov, C. Callewaert, J. Debelius, A. González, T. Kosciolek, L.-I. McCall, D. McDonald, A.V. Melnik, J.T. Morton, J. Navas, R.A. Quinn, J.G. Sanders, A.D. Swafford, L.R. Thompson, A. Tripathi, Z.Z. Xu, J.R. Zaneveld, Q. Zhu, J.G. Caporaso y P.C. Dorrestein. Mejores prácticas para el análisis de microbiomas. Nature Reviews Microbiology, 16(7):410-422, https://doi.org/10.1038/s41579-018-0029-9 2018
Ref. 3541
Lavrinienko, A., T. Mappes, E. Tukalenko, T.A. Mousseau, A.P. Møller, R. Knight, J.T. Morton, L.R. Thompson y P.C. Watts. La radiación ambiental altera el microbioma intestinal del topillo bancario Myodes glareolus. The ISME Journal, 12(11):2801-2806, https://doi.org/10.1038/s41396-018-0214-x 2018
Ref. 3560
McDonald, D., E.R. Hyde, J.W. Debelius, J.T. Morton, A. González, G. Ackermann, A.A. Aksenov, B. Behsaz, C. Brennan, Y. Chen, L. DeRight Goldasich, P.C. Dorrestein, R.R. Dunn, A.K. Fahimipour, J. Gaffney, J.A. Gilbert, G. Gogul, J.L. Green, P. Hugenholtz, G. Humphrey, C. Huttenhower, M.A. Jackson, S. Janssen, D.V. Jeste, L. Jiang, S.T. Kelley, D. Knights, T. Kosciolek, J. Ladau, J. Leach, C. Marotz, D. Meleshko, A.V. Melnik, J.L. Metcalf, H. Mohimani, E. Montassier, J. Navas-Molina, T.T. Nguyen, S. Peddada, P. Pevzner, K.S. Pollard, G. Rahnavard, A. Robbins-Pianka, N. Sangwan, J. Shorenstein, L. Smarr, S.-.J. Song, T. Spector, A.D. Swafford, V.G. Thackray, L.R. Thompson, A. Tripathi, Y. Vázquez-Baeza, A. Vrbanac, P. Wischmeyer, E. Wolfe, Q. Zhu y R. Knight. Tripa americana: Una plataforma abierta para la investigación ciudadana del microbioma. mSystems, 3(3):e00031.18, https://doi.org/10.1128/mSystems.00031.18 2018
Ref. 3533
Michaud, J.M., L.R. Thompson, D. Kaul, J.L. Espinoza, R.A. Richter, Z.Z. Xu, C. Lee, K.M. Pham, C.M. Beall, F. Malfatti, F. Azam, R. Knight, M.D. Burkart, C.L. Dupont y K.A. Prather. Aerosolización de bacterias y virus específica para cada taxón en un mesocosmos experimental océano-atmósfera. Nature Communications, 9(1):2017, https://doi.org/10.1038/s41467-018-04409-z 2018
Ref. 3537
Shibl, A.A., D.K. Ngugi, A. Talarmin, L.R. Thompson, J. Blom y U. Stingl. El genoma de un nuevo aislado de Prochlorococcus del Mar Rojo contiene genes transcritos para la biosíntesis de solutos compatibles. FEMS Microbiology Ecology, 94(12):fiy182, https://doi.org/10.1093/femsec/fiy182 2018
Ref. 3914
Goodwin, K.D., L.R. Thompson, B. Duarte, T. Kahlke, A.R. Thompson, J.C. Marques e I. Cacador. La secuenciación del ADN como herramienta de seguimiento del estado ecológico marino. Fronteras de la ciencia marina, 4:107, https://doi.org/10.3389/fmars.2017.00107 2017
Ref. 3401
Thompson, L.R., J.G. Sanders, D. McDonald, A. Amir, J. Ladau, K.J. Locey, R.J. Prill, A. Tripathi, S.M. Gibbons, G. Ackermann, J.A. Navas-Molina, S. Janssen, E. Kopylova, Y. Vázquez-Baeza, A. González, J.T. Morton, S. Mirarab, Z.Z. Xu, L. Jiang, M.F. Haroon, J. Kanbar, Q. Zhu, S.J. Song, T. Kosciolek, N.A. Bokulich, J. Lefler, C.J. Brislawn, G. Humphrey, S.M. Owens, J. Hampton-Marcell, D. Berg-Lyons, V. McKenzie, N. Fierer, J.A. Fuhrman, A. Clauset, R.L. Stevens, A. Shade, K.S. Pollard, K.D. Goodwin, J.K. Jansson, J.A. Gilbert, R. Knight, y el Earth Microbiome Project Consortium. Un catálogo común revela la diversidad microbiana multiescalar de la Tierra. Nature, 551(7681):457-463, https://doi.org/10.1038/nature24621 2017
Ref. 3471

Premio a la enseñanza de posgrado del Instituto Scripps de Oceanografía, 2019

Por sus esfuerzos para enseñar a los estudiantes de Scripps la ciencia de datos utilizando el lenguaje de programación Python.

Premio NOAA al artículo más destacado, 2018

Por una ciencia preeminente publicada a través de una rigurosa revisión por pares:
Thompson, L.R., J.G. Sanders, D. McDonald, A. Amir, J. Ladau, K.J. Locey, R.J. Prill, A. Tripathi, S.M. Gibbons, G. Ackermann, J.A. Navas-Molina, S. Janssen, E. Kopylova, Y. Vázquez-Baeza, A. González, J.T. Morton, S. Mirarab, Z.Z. Xu, L. Jiang, M.F. Haroon, J. Kanbar, Q. Zhu, S.J. Song, T. Kosciolek, N.A. Bokulich, J. Lefler, C.J. Brislawn, G. Humphrey, S.M. Owens, J. Hampton-Marcell, D. Berg-Lyons, V. McKenzie, N. Fierer, J.A. Fuhrman, A. Clauset, R.L. Stevens, A. Shade, K.S. Pollard, K.D. Goodwin y otros, 2017: Un catálogo comunal revela la diversidad microbiana multiescala de la Tierra. Nature, 551(7681):457-463.