Lo más destacado de la investigación
Intereses de investigación
Biogeoquímica marina, ecología microbiana marina y redes alimentarias marinas.
Metagenómica y bioinformática.
Dra. Nastassia Patin
Asociado postdoctoral (Universidad de Miami/CIMAS), División de Química Oceánica y Ecosistemas
650.521.3888
Centro Científico de Pesca del Suroeste
8901 La Jolla Shores Drive
La Jolla, CA 92037
"La presunta estabilidad de esta comunidad [de agujeros azules], su alta diversidad metabólica y su dominio por taxones microbianos poco estudiados destacan [la formación del Golfo de México] AJ [Hole] como un modelo para detectar procesos biogeoquímicos novedosos en condiciones de bajo oxígeno". Cita de Patin et al. 2021, The ISME Journal.
La Dra. Patin está interesada en cómo se estructuran las comunidades microbianas marinas en relación con las condiciones ambientales y su conectividad con organismos como el fitoplancton y los peces. Para abordar estas cuestiones, utiliza datos de secuencias del microbioma ("metagenómica") y métodos biológicos computacionales ("bioinformática") para estudiar las comunidades microbianas sin necesidad de cultivarlas. También utiliza la metabarcodificación del ADN ambiental para relacionar los microbiomas con los niveles tróficos superiores y establecer conexiones entre los microbios y otros miembros importantes de la red alimentaria marina. El principal sistema de estudio de Nastassia es la corriente de California, un ecosistema muy productivo y valioso para la pesca, la ciencia del clima y las economías costeras.
Trabajo actual
Asociado postdoctoral, División de Química Oceánica y Ecosistemas
2016, Doctorado en Biología Marina, Scripps Institution of Oceanography, Universidad de California, San Diego, CA
2011, Máster en Biología Marina, Universidad Estatal de San Francisco, San Franciso, CA
2008, Licenciada en Ciencias Biológicas, con especialización en francés, Universidad de Stanford, Stanford, CA
- Patin, N.V., y K.D. Goodwin. Captura de microbiomas marinos y ADN ambiental: Guía de muestreo de campo. Fronteras de la Microbiología, 13:1026596, https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.1026596 2023
Ref. 4217 - Patin, N.V., y K.D. Goodwin. La secuenciación de lectura larga mejora la recuperación de genomas picoeucariotas y genes marcadores de zooplancton a partir de metagenomas marinos. mSystems, 7(6):e00595-22, https://doi.org/10.1128/msystems.00595-22 2022
Ref. 4198 - Thompson, L.R., S.R. Anderson, P.A. Den Uyl, N.V. Patin, G. Sanderson y K.D. Goodwin. Tourmaline: Un flujo de trabajo en contenedores para el análisis rápido e iterable de secuencias de amplicones utilizando QIIME 2 y Snakemake. GigaScience, 11(1):giac066, https://doi.org/10.1093/gigascience/giac066 2022
Ref. 4130
Patin NV, Dietrich ZA, Stancil A, Quinan M, Beckler JS, Hall ER, Culter J, Smith CG, Taillefert M, Stewart FJ. 2021. El agujero azul del Golfo de México alberga altos niveles de nuevos linajes microbianos. The ISME Journal. doi: s41396-021-00917-x
Patin NV, Brown E, Garfield C, Chebli G, Kubanek J, Stewart FJ. 2020. Microbial and chemical dynamics of a toxic dinoflagellate bloom. PeerJ. 8:e9493. doi: 10.7717/peerj.9493
Patin NV, Locklear S, Stewart FJ, Lopanik NB. 2018. La frecuencia de los simbiontes predice la composición del microbioma en una simbiosis modelo entre bacterias y briozoos. Aquatic Microbial Ecology 83: 1-13. doi:10.3354/ame01901
Patin NV, Pratte ZA, Regensburger M, Gilde K, Hall E, Dove ADM, Stewart FJ. 2018. Dinámica del microbioma en un gran acuario artificial de agua de mar. Microbiología aplicada y ambiental. 84(10): e00179-18
Mejor charla, Simposio Postdoctoral de Georgia Tech 2017
Premio del director Edward A. Frieman a la excelencia en la investigación de estudiantes de posgrado 2016
Para Patin NV, Duncan K, Dorrestein PC, Jensen PR. 2016. Competitive strategies differentiate closely related species of marine actinobacteria. The ISME Journal. 10: 478-490..